Susunan organisasi yang baru menurut Peraturan Bupati Bantul Nomor 114 Tahun 2016 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, Dan Tata Kerja Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi Kabupaten Bantul tanggal 22 Desember 2016 adalah sebagai berikut :
- Kepala Dinas;
- Sekretariat
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
- Sub Bagian Program, Keuangan Dan Aset
- Bidang Hubungan Industrial dan Kesejahteraan Pekerja
- Seksi Persyaratan Kerja
- Seksi Kesejahteraan Pekerja dan jaminan Sosial Tenaga Kerja
- Seksi Penyelesaian Hubungan Industrial
- Bidang Pelatihan Kerja dan Produktivitas, terdiri atas :
- Seksi Kelembagaan Pelatihan
- Seksi Produktivitas dan Standarisasi
- Seksi Pelatihan dan Pemagangan
- Bidang Penempatan Tenaga Kerja, Perluasan Kerja, dan Transmigrasi
- Seksi Pelayanan Penempatan Tenaga Kerja
- Seksi Perluasan Kesempatan Kerja
- Seksi penempatan Transmigrasi
- Unit Pelaksana Teknis
- Kelompok Jabatan Fungsional
BAGAN STRUKTUR ORGANISASI

Gambaran umum setiap satuan kerja sesuai dengan Peraturan Bupati Nomor 114 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi dapat diunduh Disini